Тимберовка - замена части сгнившей обшивки корабля, реже - и части палуб. Могла быть на плаву или в доке, сам корабль обычно сохранял размеры и внешний вид. То, что Вы назвали "разборка и сборка деревянного корабля обратно" именовалось перестройкой, в этом случае корабль полностью разбирался (когда сгнивал весь набор) и фактически получался совершенно новый корабль с новыми размерами.